Depois da batalha contra o Sentinela a existência dos mutantes é revelada. A reação do público é hostil. No decorrer da temporada, o verdadeiro Xavier é encontrado, Pietro retorna para a Irmandade, a Mística é derrotada depois de tentar atacar Ciclope, a mansão é reconstruída, e os X-Men voltam ao colégio de Bayville. Wanda continua sua busca por Magneto. Magneto usa o mutante telepata Mestre Mental para mudar as memórias de infância de Wanda. Spyke deixa os X-Men quando seu poder se torna incontrolável, decide viver nos esgotos com os Morlocks. Episódios Com Média de 50Mb.
Episódio 01 - Dia da Recuperação
Episódio 02 - Qualidade de Heróis
Episódio 03 - Opinião Geral
Episódio 04 - Do Que Um Vilão é Feito
Episódio 05 - Beco Sem Saída
Episódio 06 - Medidas Extremas
Episódio 07 - O Sapo, A Feiticeira e O Guarda-Roupa
Episódio 08 - Autopossessão
Episódio 09 - Trancafiado
Episódio 10 - O Cruzeiro
Episódio 11 - X-23
Episódio 12 - Horizonte Negro – Parte I
Episódio 13 - Horizonte Negro – Parte II
Episódio 01 - Dia da Recuperação
Episódio 02 - Qualidade de Heróis
Episódio 03 - Opinião Geral
Episódio 04 - Do Que Um Vilão é Feito
Episódio 05 - Beco Sem Saída
Episódio 06 - Medidas Extremas
Episódio 07 - O Sapo, A Feiticeira e O Guarda-Roupa
Episódio 08 - Autopossessão
Episódio 09 - Trancafiado
Episódio 10 - O Cruzeiro
Episódio 11 - X-23
Episódio 12 - Horizonte Negro – Parte I
Episódio 13 - Horizonte Negro – Parte II